Water Lilies utspelar sig i en Parisförort där vi möter de tre 15-åriga flickorna Marie, Anne och Floriane. De möts i simhallen där Anne och Floriane övar konstsim, och Marie hänger runt och kollar.

18-åriga Oskar tar nattåget hem från Stockholm till Älvsbyn efter en arbetsintervju. På tåget ser han Ahmad och får ögonkontakt.

Sofia passar inte alls in i den traditionstyngda patriarkala miljön på universitetets filosofiska institution. Men när hon inte får jobbet hon sökt där, kastar hon demonstrativt hela sin avhandling i luften.

Bretagne, Frankrike, 1760. Konstnären Marianne har fått i uppdrag att göra ett porträtt av Héloïse, en ung kvinna som just lämnat klostret.

Ett center för hemlösa kvinnor tvingas stänga med kort varsel när kommunen ska spara pengar. Nu gäller det för socialarbetarna som driver centret att på tre månader hjälpa kvinnorna tillbaka in i samhället.

På den första varma sommardagen bestämmer sig Claire (Catherine Deneuve) för att göra sig av med alla sina ägodelar. En storslagen loppis i trädgården lockar till sig spekulanter som slåss om att få köpa värdefulla antikviteter till underpris.

I oktober 2017 larmas polisen till den lilla byn Villereau på den franska landsbygden efter att en kvinna har hört upprepade smällar. Vi möter byborna när de återger berättelsen om dagen då Villereau lät sig lamslås av rädsla och blev ett exempel på hur terrorhotet är ständigt närvarande, även för invånarna i en liten fransk by på 5 kvadratkilometer.

Den välrenommerade journalisten Jacques kontaktas av Vatikanen, som vill att han undersöker sanningshalten i en påstådd gudomlig uppenbarelse. De skickar honom till en liten fransk by, där en ung kvinna säger sig ha mött Jungfru Maria.

Abbas har flytt kriget i Centralafrikanska Republiken tillsammans med sina två barn. De bor nu i Frankrike och i väntan på politisk asyl arbetar Abbas på en matmarknad.

Antoine deltar i en skrivarkurs med andra ungdomar i den lilla hamnstaden La Ciotat i södra Frankrike. Kursen leds av en känd författare och gruppen bestämmer sig för att skriva en kriminalroman som ska utspela sig mot bakgrund av stadens historia av arbetarkamp och rasism.